1994年1月26日，容志行，曾雪麟等人組建深圳足球俱樂部，這是一家會員制職業(yè)足球俱樂部，以“國內(nèi)領(lǐng)先，亞洲一流，光界知名”為俱樂部的目標(biāo)。在球隊成立當(dāng)年，球隊便獲得了乙級聯(lián)賽冠軍。
1995年，深圳足球俱樂部升入甲B聯(lián)賽，并獲得該年的聯(lián)賽冠軍。
1996年，深圳足球俱樂部升入當(dāng)時還是叫甲A聯(lián)賽，創(chuàng)造了中國足壇一支球隊從成立到進(jìn)入頂級聯(lián)賽的最快記錄。但是因為戰(zhàn)績問題，又被降入了甲B聯(lián)賽。
1997年，平安保險集團(tuán)全資收購深圳足球俱樂部，并更名為深圳平安隊。最終，球隊獲得了當(dāng)年的甲B聯(lián)賽，又獲得升入甲A聯(lián)賽的資格，順利進(jìn)入中國頂級聯(lián)賽。
1998年，俱樂部首次聘請了外籍教練。由韓國人車范根擔(dān)任。
1999年，球隊保級成功。幫助球隊立足頂級聯(lián)賽。
2002年，球隊獲得了甲A聯(lián)賽亞軍，并在當(dāng)年12月，健力寶集團(tuán)全資收購深圳市足球俱樂部。
2003年，俱樂部正式更名為深圳健力寶足球俱樂部，擁有李瑋峰，李毅，楊晨，鄭智等一眾國腳。
2004年，甲A聯(lián)賽已經(jīng)改制為中國足球超級聯(lián)賽，簡稱中超，球隊在當(dāng)年也獲得了聯(lián)賽冠軍，也就是首屆中超冠軍。并獲得了05年亞冠的參賽資格。
2005年，球隊在亞冠征程中，一路殺進(jìn)了四強，不過在半決賽兩回合中不敵阿爾艾因，無緣決賽。而后，球隊又更名為深圳足球俱樂部。
2007年，球隊獲得一家廣州企業(yè)贊助，俱樂部也更名為深圳香雪上清飲足球俱樂部。
2009年，俱樂部更名為深圳市亞旅足球俱樂部。9月份，由俱樂部股東發(fā)起成立的紅鉆公司冠名球隊為深圳紅鉆足球隊，并成為第一支嘗試實現(xiàn)自創(chuàng)品牌，自主經(jīng)營，自我冠名的中國足球俱樂部。
2010年，俱樂部更名為深圳市紅鉆足球俱樂部。5月15日，茅臺集團(tuán)正式成為主冠名商，球隊也更名為深圳茅臺紅鉆隊。
2011年，雖然由法國名帥特魯西埃帶隊，但是最終在賽季結(jié)束，球隊?wèi)?zhàn)績不佳降級。
直到2016年，佳兆業(yè)集團(tuán)冠名球隊，俱樂部也更名為深圳市足球俱樂部佳兆業(yè)足球隊。但沖超失敗。
2018年，由卡羅帶領(lǐng)球隊征戰(zhàn)中甲聯(lián)賽，在 11月3日下午，最后一輪比賽中，深圳佳兆業(yè)足球俱樂部主場5:0擊敗浙江毅騰，積分反超浙江綠城，球隊也在最后一刻沖超成功，時隔七年重返頂級聯(lián)賽。
俱樂部從成立至今，俱樂部從先后七次更名俱樂部名稱。
深圳佳兆業(yè)就是當(dāng)年的深圳平安，這支球隊不光有這兩個名字，深圳飛亞達(dá)、深圳健力寶、深圳金威啤酒、深圳香雪上清飲、深圳亞旅、深圳紅鉆、深圳茅臺紅鉆、深圳小牛資本紅鉆都曾經(jīng)是這支隊伍。
1994年1月26日，容志行、曾雪麟等人組建深圳足球俱樂部參加乙級聯(lián)賽，當(dāng)年升級；1995年甲B冠軍，再度升級；1996年以深圳飛亞達(dá)的名字征戰(zhàn)甲A——堪稱足球場上的深圳速度！
然后這支球隊就在中國足球的江湖中浮浮沉沉，跌宕起伏——
96年降級——97年甲B奪冠，再度升級；
02年獲得甲A亞軍，隨后健力寶入主；
04年中超元年奪冠，成為第一個中超冠軍——05年就只贏下4場比賽，成為成績最差的衛(wèi)冕冠軍，最終排名倒數(shù)第三，而健力寶賽季后就賣掉90%的股權(quán)；
06年到10年迎合中超冠名風(fēng)尚，隊名不停變換，其中還有一段時間因投資人撤出由深圳足協(xié)托管過一段時間，成績也始終在第11至14名之間徘徊，是典型的保級專業(yè)戶，直至2011年以最后一名降級；
12年至18年用了7年時間再次升入中超。
中超元年奪冠——深圳，中超元年在主教練朱廣滬的帶領(lǐng)下，以超級防守能力奪得冠軍（全賽季22場僅失球13個，是失球第二少的大連實德的一半）。
平安六君子事件——這個目前還算是一樁懸案：當(dāng)時《足球》報報道，在2000年3月25日深圳平安輸給云南紅塔后，有6名球員在下榻的賓館與失足婦女進(jìn)行了深入的生物學(xué)研討；而深圳俱樂部則聲稱是6名球員違紀(jì)外出，并將《足球》報告上法庭，最終雙方在2001年私下和解，至于真相，各自推測吧——但當(dāng)時俱樂部給予6名球員的處罰是：彭偉國、張軍、孫剛罰1萬元；王超、姚立、陳永強中止合同，限期離隊。
足協(xié)杯賽場討薪——2014年7月15日，當(dāng)時叫做深圳小牛資本紅鉆隊的深圳隊在足協(xié)杯第三輪進(jìn)行賽場討薪：賽前在2014年只領(lǐng)到一個月薪水的球員們計劃放棄參賽，經(jīng)過勸說后參加比賽，但是在賽前打出寫有“請求政府足協(xié)幫助 球員生活已無法維持 還我血汗錢！！”的討薪橫幅；比賽開始后集體背身面對自家球門長達(dá)30秒；下半場由于隊員頻繁受傷一度8打11人。
深圳的經(jīng)歷，實際上集中反應(yīng)了中國足球這些年的艱辛與荊棘，但愿從現(xiàn)在開始，一切都好。
